重慶市地震局始建于2001年，實行由中國地震局和重慶市人民政府雙重領導，以中國地震局領導為主的管理體制。它既是中國地震局的派出單位，又是重慶市人民政府管理地方防震減災工作的職能部門。

重慶市地震局由局機關職能處室、下屬事業單位和地震臺組成。機關職能處室設有辦公室、人事教育處（離退干部管理處）、計劃財務處、監測預報處（科技發展處、外事辦公室）、震害防御處（法規處）、應急救援處、紀檢監察審計處、機關黨委(機關工會)等處室。下屬事業單位設有重慶地震監測預報中心（重慶三峽水庫地震監測中心）、重慶市地震應急與宣傳教育中心、重慶市地震工程研究所、重慶市地震臺。